Раздольненский филиал был создан 26.12.1966 года как Раздольненское управление эксплуатации оросительных систем. Приказом от 24.06.1977г. № 322 Раздольненское управление эксплуатации оросительных систем было переименовано в Раздольненское управление оросительных систем. С 01.01.2005 года Раздольненское управление оросительных систем называлось Раздольненским межрайонным управлением водного хозяйства. После реорганизации в сфере управления водными ресурсами и мелиорацией Крыма на базе управления был создан филиал ГБУ РК "Крыммелиоводхоз", полномочия Раздольненского филиала распространяются на территорию Раздольненского и Черноморского районов.