Бахчисарайское межрайонное управление водного хозяйства создано реформированием Бахчисарайского управления оросительных систем и горных рек, которое, в свою очередь, было организовано 14 января 1959 года согласно приказу Госводхоза № 3 из отдельных оросительных систем: Альминской, Качинской и Чернореченской.
С 1 января 1963 года в состав управления вошла Бельбекская оросительная система.
Альминскую оросительную систему с площадью орошаемых земель – 3031 га создали ещё в 1925 году. Это одна из первых государственных оросительных систем. Систему привязали к водохранилищу Базар-Джилга (ныне Альминское водохранилище). Качинскую оросительную систему создали в послевоенные годы на базе водохранилища Эгиз-Оба (ныне Бахчисарайское водохранилище), построенного в 1936 году. Оросительная система в 1953 году представляла собой множество примитивных водозаборных сооружений, которые со временем были реконструированы в головные сооружения инженерного типа. В 1982 году реконструировали и Бахчисарайское водохранилище; на Каче построили Фурмановскую насосную станцию, которой подаётся вода на 814 га орошаемых земель. В 1961 году в бассейне реки Чёрная создали Чернореченскую оросительную систему на площади 1547 га, в 1963 году в бассейне реки Бельбек – Бельбекскую оросительную систему, с 2081 гектарами орошаемых земель.
Приказом Госводхоза Украины от 10 декабря 2004 года № 315 управление оросительных систем переименовано в межрайонное управление водного хозяйства.
Руководители Бахчисарайское МУВХ:
1938 – 1976 гг. – Рященко Евгений Меркурьевич
1976 – 1978 гг. – Доронин Петр Михайлович
1978 – 1981 гг. – Баглаенко Всеволод Антонович
1981 – 1994 гг. – Сенько Василий Данилович
1994 – 2013 гг. – Рольский Николай Иванович
2013 – 2015 гг. – Сарасеко Алексей Иванович
2015 - 2018 гг. - Заграй Виктор Григорьевич
2018 г. и по настоящее время - Кузнецов Александр Сергеевич
В связи с переходом Республики Крым в состав Российской федерации 21 марта 2014г. Бахчисарайское межрайонное управление водного хозяйства 04 декабря 2014 года было переименовано в Государственное бюджетное учреждение Республики Крым "Бахчисарайское межрайонное управление водного хозяйства" (Приказ № 78 от 19 ноября 2014 года Государственного Комитета по водному хозяйству и мелиорации Республики Крым).
Во исполнение распоряжения Совета министров Республики Крым от 24.02.2015 года № 128-р "О реорганизации государственных бюджетных учреждений Республики Крым", был издан Приказ № 32 Государственного комитета по водному хозяйству и мелиорации Республики Крым "О реорганизации государственных бюджетных учреждений Республики Крым, отнесенных к ведению Государственного комитета по водному хозяйству и мелиорации Республики Крым, путем их присоединения к Государственному учреждению Республики Крым "Крымское управление водного хозяйства и мелиорации"", в связи с этим Государственное бюджетное учреждение Республики Крым "Бахчисарайское межрайонное управление водного хозяйства" с 03.06.2015г. переименовано в Бахчисарайский филиал Государственного бюджетного учреждения Республики Крым "Крымское управление водного хозяйства и мелиорации".(Приложение к приказу Госкомводхоза Крыма от 26.02.2015 г. № 32).Правопреемником всех прав и обязательств Государственного бюджетного учреждения Республики Крым «Бахчисарайское межрайонное управление водного хозяйства» является Государственное бюджетное учреждение Республики Крым «Крымское управление водного хозяйственного и мелиорации». Директор Бахчисарайского филиала Государственного бюджетного учреждения Республики Крым «Крымское управление водного хозяйственного и мелиорации» будет руководствоваться в своей деятельности Положением о филиале и выступать от имени Государственного бюджетного учреждения Республики Крым «Крымское управление водного хозяйственного и мелиорации» по доверенности, выданной директором Государственного бюджетного учреждения Республики Крым «Крымское управление водного хозяйственного и мелиорации».
