Управление Соединительного канала создано согласно приказа Рескомводхоза Крыма № 150 от 26.12.2000 г. и Постановления Совета министров Автономной Республики Крым от 12.12.2000 г. № 416. В 2015 год реорганизовано в Филиал эксплуатации Соединительного канала ГБУ РК «Крыммелиоводхоз» на основании приказа № 47 от 02.06.2015 г. ГБК РК «Крымского управления водного хозяйства и мелиорации».
Филиал эксплуатации Соединительного канала расположен на территории пгт.Первомайское.